L’esprit de la rénovation doit beaucoup au théâtre. Le centre de l’édifice a été traité comme un plateau de salle de spectacles, avec ses dessous qui accueillent l’exposition consacrée aux fonds marins et son plancher parcouru d’une caravane d’animaux naturalisés. La verrière a fait place à ce que l’architecte et le scénographe décrivent comme un ciel actif, qui reproduit par des moyens artificiels, pendant le temps d’un cycle d’environ une heure quarante, la course du soleil pendant la journée. Sur l’un des grands côtés du volume ont été regroupées les circulations verticales. Des ascenseurs permettent aux visiteurs de suivre le scénario de l’exposition divisé en trois actes : le spectacle de la diversité du vivant ; l’évolution de la vie ; l’homme facteur d’évolution. Les machines transparentes montent dans le noir et semblent effleurer les oiseaux qui accompagnent l’ascension. Chaque vitrine est en elle-même un petit théâtre avec son cadre, ses frises, sa mécanique entièrement cachée et son éclairage réalisé à partir de fibres optiques et de projecteurs directionnels miniatures.